Desde el año 1997 la Comisión Administradora del Río Uruguay capacita y entrega material (equipos) al personal de los Organismos Competentes de las Partes sobre procedimientos de documentación e investigación de campo para el diagnóstico y verificación de Mortandad de peces en el Río Uruguay. Las jornadas de trabajo y capacitación están
dirigidas principalmente a las Prefecturas de ambos países. Habitualmente la CARU importa desde Alemania equipos que provee a las Prefecturas de las Partes con la capacitación para su utilización.
El material permite contribuir en la determinación de las causas de las mortandades de peces en el Río Uruguay. Para ser eficaz, su aplicación debe ser realizada con el pez sin descomponerse, lo cual implica una respuesta inmediata al fenómeno de mortandad cuando se presenta. Los elementos del equipo permiten realizar un registro fotográfico, tomar mediciones de los peces, extraer muestras y conservarlas para su posterior análisis. Asimismo, el maletín también contiene instrumental para el registro de temperatura, pH, nitrógeno y oxígeno disuelto.
El material tiene una vida útil limitada debido a su fecha de vencimiento, por eso se renuevan cada vez que se produce el vencimiento o se sustituyen cuando fueron utilizados para el propósito al que son asignados. Cabe mencionar que los Organismos que actualmente poseen la capacidad para actuar ante mortandades de peces en el Río Uruguay son las Prefecturas de ambos países. En el caso de la República Argentina, las Prefecturas de Monte Caseros, Federación, Salto Grande, Concordia, Concepción del Uruguay, Gualeguaychú y Villa Paranacito. En tanto en la República Oriental del Uruguay, las Prefecturas de Bella Unión, Salto, Paysandú, Fray Bentos y Nueva Palmira.
Excepcionalmente la CARU incorporó a los talleres de capacitación a la Facultad de Gestión Ambiental de la Universidad Autónoma de Entre Ríos y ONGS ambientalistas y proveyó de equipos a integrantes de las ONGs Transfronterizas, representativas de la triple frontera Argentina – Brasil – Uruguay por el desarrollo de sus actividades en la zona y su vinculación fluida con el Organismo.